El águila pescadora es una especie catalogada en peligro crítico en España y mantiene en Mallorca la mayor población del mediterráneo español. Se tienen evidencias de que en el pasado esta especie fue bastante más común (se suponen 35-40 parejas en Baleares), sin embargo en la actualidad sólo se localizan 14-16 parejas territoriales en las Islas, de las que 10 viven en Mallorca. El descenso poblacional puede atribuirse en parte a la sobreocupación del litoral, pero también intervienen otros factores de mortalidad o fracaso reproductor que sólo conocemos en parte.

En agosto de 2007 se aprobó el Plan Balear de conservación de esta especie, el cual prevé acciones de conservación a lo largo de los próximos 9 años. El proyecto que desarrolla el GOB (Grupo Balear de Ornitología y Defensa de la Naturaleza), con el apoyo de Obra Social Caja Madrid, refuerza las acciones previstas en dicho plan, mejorando la efectividad del conjunto de medidas de conservación. Las líneas fundamentales del proyecto son el estudio del uso del territorio y las causas de mortalidad adulta y juvenil, la determinación de los puntos negros de electrocución para la especie y la difusión de información sobre la especie y su conservación.

Así, el proyecto está mejorando el seguimiento individual de ejemplares mediante telemetría vía satélite, dado que es la mejor vía para controlar sus movimientos, identificar zonas importantes para su supervivencia y localizar zonas problemáticas, permitiendo determinar las causas de mortalidad y posibilitando que sean abordadas convenientemente. Gracias a este sistema, se ha podido conocer el itinerario realizado por un ejemplar de Águila Pescadora entre Mallorca y Suecia, donde ha criado a su prole en verano y posteriormente retornó a la Isla, donde reside en invierno.